Hola,
en la última parte de estos apuntes
ftp://ftp.ing-mat.udec.cl/pub/ing-mat/asignaturas/521230/apuntes/difer3.pdfse explica un ejemplo de la aplicación del método de elementos finitos para un problema particular. No es demasiado difícil de implementar en MATLAB (ya que es construir una matriz e invertirla). Verás que el método depende de unas funciones base que aparecen, y éstas dependen del problema que se esté trabajando (para asegurar la existencia y unicidad del problema discreto, es decir, lo que programamos), por lo que no hay un programa general que sirva siempre y, más aún, no es un método que pueda usarse en cualquier sistema de ecuaciones diferenciales (aunque hay gente que trabaja buscando la forma de como aplicar elementos finitos a todo).
Podrías escribir tu problema por acá para darle un vistazo.
Entiendo que Freefem (libre y gratuito de descargar y usar) es un programa sencillo de usar para estas cosas. Aunque no lo he usado, me parece que es lo que buscas, ya que puedes ingresar la formulación débil del problema y entrega la solución.
PS: Cuando uno está apurado suele ser buena idea probar con diferencias finitas.
HernanV por curiosidad: ¿qué programas usas para elementos finitos?