En principio NFA tiene 4 axiomas (en su formalización corta), que son comprehension, pares, átomos, y extensión. Mi primera duda surge ya con el axioma de pares. En el árticulo de la Revista del Foro, se afirma que el axioma de pares afirma la existencia de pares estratificados nivelados. No afirma nada sobre pares no estratificados. Sin embargo, en el libro de Holmes por lo que creo entender, afirma la existencia del par

para cualesquier objetos

y

de la teoría, no necesariamente del mismo tipo
El axioma de los pares no afirma la existencia de pares. El término

es un término primitivo del lenguaje de NFA (al menos en la que llamas formalización corta) y, por consiguiente,

está definido para todo par de objetos

e

. El axioma de los pares sólo afirma que cada par ordenado

determina a sus dos componentes.
Ahora bien, la definición de estratificación hace que si dos términos

y

están estratificados y tienen el mismo tipo, entonces el término

también está estratificado y tiene el mismo tipo. Si no introducimos los pares ordenados como términos primitivos o no los definimos adecuadamente (para lo cual es necesario el axioma de infinitud), sólo contamos con los pares usuales en la teoría de conjuntos, definidos como

que no están nivelados.
Tu pregunta contiene implícitamente un equívoco, pues al hablar de "cualesquiera objetos de la teoría, no necesariamente del mismo tipo" das a entender que cada objeto tiene un tipo asignado, y esto no es así. Los conjuntos y los átomos no tienen un tipo definido en NFA, sino que el tipo es una propiedad que podemos asignar a los distintos términos del lenguaje formal de NFA, de modo que un mismo objeto puede ser nombrado por términos que admitan tipos distintos en estratificaciones distintas. Por ejemplo, en una estratificación podemos asignar tipo 4 al conjunto vacío y en otra asignarle tipo 18.
La teoría se enriquece con el axioma de infinito y con el de elección, aunque parece ser que de la existencia de pares se deduce el axioma de infinito, que en el libro de Holmes se presenta como teorema en una forma un tanto curiosa, afirmando que el conjunto vacio no es un número natural, que viene a ser con la definición de número natural que se usa, decir que todo número tiene un siguiente.
Exacto. Si el conjunto de todos los conjuntos es finito, entonces su cardinal es un número natural que no tiene un siguiente. El axioma de infinitud niega esta posibilidad.
Por otro lado, si consideramos NFA + el axioma de elección y de infinito (por lo que se dice en el articulo de Ivorra ), el axioma de pares no es necesario pues se demuestra la existencia de pares nivelados.
Cierto.
Por otro lado, NFA+ AE+ AI es consistente si lo es NFA (esto creo que lo he leido en la pagina web de Holmes).
Si en NFA tomas pos pares ordenados como término primitivo, entonces lo que dices es cierto, porque AI es redundante. Pero si no es así, lo que dices es falso.
Creo que también NFA+AE+AI+AC (áxioma de computo) es relativamente consistente con respecto a NFA, aunque no sé ya si me he hecho un lío al respecto.
Eso es falso. En NFA +AE + AI + AC se puede construir un modelo de NFA + AE + AI, lo cual, a través del teorema de incompletitud de Gödel, se traduce en que es imposible demostrar la teoría de la primera teoría a partir de la consistencia de la segunda.
Con estos axiomas se puede demostrar la existencia de los números reales (que Holmes construye a través de las cortaduras de Dedekind)
Con respecto a esto último, tengo otra duda, igual que el áxioma de elección es clave en el ánalisis construido en ZF, su admisión provoca por ejemplo la existencia de conjuntos no medibles, que no es posible demostrar sin él , garantiza (creo) la existencia de bases infinitas para los espacios vectoriales infinitos, y supongo que muchas más cosas, no puede provocar el trabajar en NFA+AE+AI+AC con respecto a ZFC alguna diferencia substancial en alguna cuestión importante del ánalisis.
Sospecho que no y tengo alguna idea sobre cómo podría demostrarse que no, pero es algo delicado y no me atrevería a afirmarlo sin estudiarlo a fondo. La idea es que (creo) que es posible construir un modelo de ZFC con un autormorfismo no trivial j que fije a todos los ordinales menores que un ordinal suficientemente grande, y eso permitiría construir un modelo de NFA+AE+AI+AC en el que

sea isomorfo al correspondiente a un modelo de ZFC.